STRATEGIES DES DETERMINATIONS STRUCTURALES
SUR POUDRE
2- Matériaux non identifiés
en routine par PDF-2
En cas d'insuccès avec la banque de données PDF-2, il faut
tenter d'aller plus loin. D'autres banques de données contiennent
des informations de nature cristallographique :
- ICSD
(Inorganic Crystal Structure Data), sur CD-ROM, contient environ 42000
phases dont les structures ont été déterminées
sur monocristal ou sur poudre. Les coordonnées atomiques sont fournies
(sauf pour environ 3000 phases) etc.. La version 1992 était quasi-complète
(?) jusqu'en 1988 mais elle ne contenait que 2 fiches pour 1990, 105 pour
1989, 924 pour 1988, 1203 pour 1987 ..etc.. On note aussi la présence
de multiples fiches pour une même phase dans cette banque, ainsi
que de quantités de phases isotypes. L'utilisateur doit aussi savoir
rester critique quant à la qualité...
- CSD (Cambridge Structural
Databank) sur CD-ROM contient des données pour environ 160000 entrées
pour les petites molécules organiques et les composés organométalliques.
- N.I.S.T. CRYSTAL DATA,
sur CD-ROM, contient environ 200000 entrées correspondant à
60000 phases uniques (inorganique/organique). Il s'agit de tout ce qui
a été publié avec une proposition d'indexation. Il
y a réellement énormément de fiches multiples et d'isotypes
dans cette banque.
- CRYSMET
est une compilation de données concernant des phases metalliques.
Pour pouvoir utiliser ces quatre dernières
banques, complémentaires de la banque de spectres de poudres, une
information qui peut être suffisante est la composition de votre
échantillon mais le plus sûr moyen est d'y ajouter la connaissance
de la maille cristalline. Plusieurs
méthodes d'accès à la maille sont envisageables compte
tenu de la présence ou non de cristaux dans votre préparation.
La banque PDB (Protein Data Bank
de Brookhaven, 5400 entrées) a été exclue de la discussion,
en effet vous avez peu de chance de réussir si vous tentez de déterminer
une structure de protéine sur poudre (ou alors elle doit être
petite et vous devrez réaliser un spectre au rayonnement X synchrotron,
éventuellement à basse température). Une discussion
des limites du possible par la méthode des poudres sera donnée
plus loin.
Le scénario va se poursuivre avec l'étude de 5 cas réels
:
-
Un composé identifié dans la banque ICDD avec proposition
de maille, absent de ICSD bien que des composés classés organométallique
comme Ni(CO)4 puissent s'y trouver, présent dans CSD
: Na2(COO)2. Un cas simple pour l'exemple. Etude
aux rayons X conventionnels.
-
[Pd(NH3)4]Cr2O7, un cas avec
atome lourd pour la méthode de Patterson, mais pourquoi pas les
méthodes directes. Etude aux rayons X conventionnels. Présent
dans ICDD avec une proposition de maille inexacte
-
t-AlF3, plus complexe que
le précédent en ce sens que le modèle initial à
trouver avant de pouvoir commencer à affiner par la méthode
de Rietveld n'est autre que la structure complète. En effet, Al3+
et F- sont isoélectroniques, un cas typique pour les
méthodes directes. Etude aux rayons X conventionnels. Un bel exemple
de contribution de la méthode des poudres à l'avancée
de l'état des connaissances de base.
-
beta-BaAlF5, abordé en diffraction de neutrons, pour
voir, bien que les neutrons aient servi dans la réalité à
obtenir une meilleure précision que pour l'affinement des données
de diffraction X.
-
La cimetidine C10H16N6S, un exemple célèbre,
de structure connue au préalable par étude sur monocristal.
Un cas abordé en rayonnement synchrotron pour évaluer les
limites supérieures de faisabilité il y a plusieurs années
(R.J. Cernik, A.K. Cheetham, C.K. Prout, D.J. Watkin, A.P. Wilkinson &
B.T.M. Willis, J. Appl. Cryst. 24 ,1991, 222-226).
Les différentes stratégies des déterminations structurales
sur poudre seront passées en revue à chacune des étapes
du processus pour une ou plusieurs des phases ci-dessus, successivement
dans chaque paragraphe de la suite du tutorial. Les données correspondantes
à ces exemples sont incluses (avec d'autres données) dans
la banque SDPD-D (Structure Determination from
Powder Diffraction - Database).
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